Stalni postav Muzeja grada Trogira prikazuje povijest grada i njegove okolice od pretpovijesti do početka 20. stoljeća.
U prostoru Arheološke zbirke predstavljena je najranija povijest trogirskog područja i nastanak samog grada. Najraniji tragovi naseljavanja na području Trogira datiraju vjerojatno iz vremena srednjeg paleolitika, kada je na ovom prostoru boravila skupina neandertalaca, tragovi čijeg su boravka iz vremena oko 40 000 godina prije sadašnjosti otkriveni također u Mujinoj pećini i u Resniku u blizini Trogira.
Sami je (polu)otok kontinuirano naseljen od brončanog doba (2200. – 900. pr. Kr.). Iz brončanog i željeznog doba (900. – 200. pr. Kr.) potječu ostaci brojnih utvrđenih naselja – gradina te nadgrobnih spomenika – gomila, koje i danas dominiraju krajolikom trogirskog zaleđa. Urbanistički razvoj grada započinje u 2. st. pr. Kr., kada Trogir postaje dijelom helenističkog grada – države Isse (Vis). Tada se pod imenom Tragourion prvi put spominje u povijesnim izvorima.
Helenistički je ulični raster sačuvan do danas u starijem, istočnom dijelu gradske jezgre, a antički cardo maximus i danas je glavna gradska ulica. Od 1. do 5. stoljeća Tragurium se nalazio na teritoriju kolonije Salone, upravnog centra rimske provincije Dalmatiae.
Prostor salonitanskog agera bio je gusto naseljen i organiziran u sustavu villae rusticae, gospodarsko ladanjskih objekata čije ostatke nalazimo i u trogirskom Malom polju te na Čiovu. Uz nadaleko poznate rimske kamenolome, osnova tragurijskog gospodarstva bili su vinarstvo i vinogradarstvo, koji će ostati jedna od glavnih gospodarskih grana grada sve do početka 20. stoljeća.
Brojni predmeti za svakodnevnu uporabu pronađeni tijekom arheoloških istraživanja predstavljaju značajan izvor podataka o naseljavanju trogirskog područja, svakodnevnom životu Trogirana te trgovačkim odnosima i ekonomskom životu grada u najranijim razdobljima njegove povijesti. Izložena arheološka građa raspoređena je po tematskim cjelinama u kojima su prikazani pretpovijesni razvoj, svakodnevni život grada u helenizmu i rimskom razdoblju, rimski pogrebni običaji, plovidba i trgovina te konzervatorska i sakupljačka djelatnost Ivana Luke Garagnina mlađeg.